波兰第二共和国由于第二次世界大战的爆发而消亡。1939年9月1日，德国入侵波兰。9月17日，苏联从东面发动攻击。经过一个月的战斗，德苏两国最终协定停火并瓜分了波兰。西部部分变成的德国的“总督辖区”(das General-Gouvernement/ Generalna Gubernia)，一部分直接并入纳粹德国。
而东部则被苏联占领。双方采取不同的手段系统地消灭波兰人，德国建立集中营，而苏联则建立劳动营。无数的波兰知识分子在帕尔米拉(Palmiry, Wawer)森林等地被屠杀。两万一千名波兰军官和知识分子分别在卡廷(Katyn)、哈尔科夫(Charków)和其他苏联地区在斯大林的命令下被处决。
纳粹德国杀害了300万犹太裔波兰人，和超过200万的非犹太裔波兰人。东部有超过25万人被苏联人驱逐出境，其中有许多人死亡。从1939年到1945年，整个波兰遭受着残酷的种族清洗。但是波兰的政府并没有放弃斗争。
逃亡伦敦的流亡政府总统瓦迪斯瓦夫·拉奇凯维奇(Władysław Raczkiewicz)和首相兼总司令瓦迪斯瓦夫·西科尔斯基(Władysław Sikorski)将军一直指导着波兰国内的秘密组织。波兰人建立了一套完整运作的秘密行政体系(称为“地下政府”)，并进行着地下活动，他们设立了一个大型的地下教育系统，包括中学、语文学校和大学层次的教育(由于当时除了小学以外，纳粹德国关闭了所有波兰人的学校)。参与武装抵抗的战士超过了40万名，他们的破坏行动和秘密战斗，在被占领的欧洲是最大规模的。
